El templo contiene numerosas obras de arte de interés entre las que cabría destacar el Retablo de las Ánimas con el Juicio Final y la Misa de San Gregorio, situado a la izquierda en la entrada del templo, entrando por la fachada de la Plaza Abad Penalva. Es un retablo pintado en 1574 por el pintor alicantino (nacido en Cocentaina) Nicolás Borrás, discípulo de Juan de Juanes. Aquí mismo nos encontramos con la portada de acceso a la Capilla de la Comunión, verdadera joya del barroco valenciano, construida entre 1720 y 1738 por Juan Bautista Borja. En el interior destaca la decoración barroca y el magnífico Retablo marmóreo en cuya predela se hallan representados diversos milagros eucarísticos. Volviendo a la nave veremos el Órgano, situado en la tribuna, tiene la caja del siglo XVI y la parte mecánica del siglo XIX.

La capilla principal de la Concatedral es la Capilla de San Nicolás de Bari que se encuentra en el centro del ábside y contiene la imagen del siglo XV del titular del templo y Patrón de la Ciudad de Alicante. Fue construida en el siglo XVII y está recubierta enteramente de paneles de madera con decoración esculpida, pintada y dorada. Sobre esta capilla, en la tribuna, se encuentra el Camarín de la Virgen del Remedio, construido en 1921 para albergar la imagen de la Patrona de la Ciudad.

Frente a la Capilla de S. Nicolás en el centro del Presbiterio se encuentra el Baldaquino, traído desde Génova en 1688 y esculpido allí en alabastro, jaspe y en mármoles alicantinos llevados expresamente a Italia para su construcción. En la segunda capilla de la izquierda se encuentra el acceso a la Antesacristía , Sacristía y Sala Capitular , construidas en el siglo XVII y que contienen valiosas pinturas y esculturas.

Desde la Antesacristía se accede al Claustro comenzado en 1634 y concluido ya en el siglo XVIII. En él podemos ver las Rejas forjadas en hierro en 1775 y la magnífica Portada de acceso desde el Claustro a la Capilla de la Comunión realizada en 1723. Destacan en ella los paneles de las puertas labrados con escenas del Antiguo y Nuevo Testamento.