El interior del templo adopta la disposición en tres tramos claramente diferenciados, donde la geometría resulta de la mayor importancia para su ordenación. En el tramo intermedio está el cubo vacío del crucero. Debido a la supresión de las capillas menores queda dilatado hacia los laterales formando el transepto. Sobre los arcos torales, a por medio de las pechinas, y sin la presencia intermedia del tambor, apoya directamente la cúpula que, con quince metros de diámetros, es de importante presencia. En la cual se valora la superficie casetonada del interior, a la manera del Panteón en Roma y dentro de la tradición que en España había generado la iglesia del monasterio escurialense.

El interior del templo adopta la disposición en tres tramos claramente diferenciados, donde la geometría resulta de la mayor importancia para su ordenación. En el tramo intermedio está el cubo vacío del crucero. Debido a la supresión de las capillas menores queda dilatado hacia los laterales formando el transepto. Sobre los arcos torales, a por medio de las pechinas, y sin la presencia intermedia del tambor, apoya directamente la cúpula que, con quince metros de diámetros, es de importante presencia. En la cual se valora la superficie casetonada del interior, a la manera del Panteón en Roma y dentro de la tradición que en España había generado la iglesia del monasterio escurialense.